torsdag 15 januari 2015

Epilepsi fortsättning

Både här och på SVAKs medlemsforum på Vallreg har våra publicerade dokument (se föregående blogginlägg) diskuterats. Peter och jag har skrivit ett svar som mest besvarar frågor och kritik som ställts på Vallreg, men publicerar det svaret även här eftersom inte alla följare av den här bloggen har inloggning på Vallreg. Åtminstone en del av frågorna kan ha ett allmänt intresse.

Och för alla er som besöker den här bloggen och skiter i generna och bara vill träna de härliga levande och friska hundar vi har : Jag ska försöka hinna med ett tredje inlägg i serien om kontroll någon av de närmaste dagarna, så håll ut!
_________________________________________

"Ska man verkligen döma ut en hane som har massor av avkommor men bara en drabbad individ?"
I vårt stamträd har vi inte gjort någon skillnad mellan föräldrar som haft en sjuk avkomma och sådana som haft fler, utan vi har benämnt samtliga föräldrar som "bärare", vilket vi också redovisar på ett öppet sätt i vårt textdokument. Att vi inte ser någon skillnad där hänger samman med flera olika förhållanden:

1) Det kanske finns fler kända fall än de som är offentligt rapporterade.

2) Statistiska utfall har en stor variation över en tidslinje och inom genetiken talar man om detta som genetisk drift, alltså en stokastisk effekt helt randomiserad till skillnad från det naturliga urvalet. Genetisk drift är nästan alltid större i små populationer (t ex Border Collie) än i stora. Två bärare kan råka paras första gången de används i avel medan det finns bärare som under hela sin produktiva tid aldrig råkar ut för en träff och därför försvinner ur aveln utan att dokumenteras. Man kan räkna ut risken för att en individ med ett recessivt anlag ska råka paras med en annan individ med samma recessiva anlag. Man måste då känna till hur stor den totala populationen är samt göra ett antagande om hur stor del av den som är bärare, men om vi som exempel för epilepsi hos Border Collie gör en optimistisk beräkning utifrån att 15 % av populationen bär på anlaget så är det bara 2,25 % risk att en bärare råkar paras med en annan bärare. Detta ger utrymme för stora variationer för en enskilds hunds synlighet. Däremot blir det synligt i ett stamträd där hunden ofta förekommer som far/morförälder, och sedan ännu mer frekvent förekommande i generationen därefter - detta är det kännetecknande i en bild av recessiv nedärvning.

3) Den enskilda individens spermier eller ägg är inte sorterade sekventiellt enligt ett nedärvningsschema utan faller också ut med slump.

4) Slumpvariationen för punkterna 2 och 3 ovan blir ännu större om det är fler aktiva gener som behöver finnas för att resultera i att en viss egenskap yttrar sig. Linjeavel ökar givetvis chansen/risken för att ett önskat eller oönskat anlag ska realiseras.

5) Ned Pattersson, doktor och forskare på University of Minnesota College of of Veterinary Medicine med en stor studie av epilepsi hos hund (2007), konstaterar också att en autosomal recessiv nedärvning som endast är delvis penetrerande ger ett lägre utfall av drabbade i förhållande till antal bärare.
En del inlägg ställer också en förhoppning till att inte alla rapporterade fall är idiopatisk epilepsi. De andra alternativsom finns är symptomatisk (hunden har t ex haft en stroke eller har en tumör som påverkar hjärnaktiviteten och leder till kramper) och förvärvad (hunden har råkat ut för trauma som skadat någon del av hjärnan). Vi har inte själva undersökt detta, men vi gissar att ytterst få, om ens något, av de fall som rapporterats till SVAKs offentliga epilepsilista är sådana.

"Tittar man på stamträdet ni gjort ser man inget som talar för att det behövs två anlagsbärare."
Att anlaget skulle vara dominant är ett sensationellt påstående med långtgående konsekvenser, men tyvärr kan vi inte kommentera alls eftersom det bara är ett påstående utan exempel. I de vetenskapliga artiklar vi läst finns det inte någonstans en teori om dominant nedärvning och vi har heller inte sett någon indikation på detta.

"Om det är som er hypotes säger finns det då några helt fria linjer?"
Vi står efter en tioårsperiod med några få överanvända hanar i en svår situation om vår hypotes stämmer. Vi har också avlat på en stor mängd importhundar - till antalet många men till genuppsättningen ganska få, och med mycket linjeavel. En populationsgenetiker jag talade med idag konstaterade just att hela BC-populationen är liten till antalet individer och och att denna stora förekomst av några få individer dessutom gör populationen väldigt mycket mindre än det fysiska antalet hundar. Förekomsten av epilepsi är enligt vår bedömning så hög att det inte går att dramatiskt reducera andelen drabbade utan att kraftigt reducera avelsbasen. Tack vare Avelsrådets framsynta initiativ med frivillig sjukrapportering med offentlig redovisning finns idag ett material användbart som underlag för förutsägbara avelsrekommendationer med en balans mellan epilepsibekämpning och avelsbasens storlek.

Med tanke på hur liten avelsbasen är och risker som följer med att den ytterligare minskar ger vi gärna en poäng till de kritiker som menar att det är dumt att låsa sig vid standardrekommendationerna för individer som ska tas ur avel för att minska förekomsten av ett recessivt anlag. Det är matematiskt beräknat mindre risk att para en känd bärare med en partner som inte har några kända bärare bakom sig, eller endast långt bak i stamtavlan, än att para två individer som båda har en förälder som är känd bärare. För riskbedömning anser vi därför att stamtavleanalys är det främsta verktyget vi har tillgång till för närvarande. "Sunt förnuft" som någon föreslog som metod är bra för intuitiva beslut i erfarenhetsbaserade frågor men inte tillämpbart på sannolikhetsberäkning - en stamtavleanalys är ren matematik.

"Ni är inga forskare och jag har pratat med forskare som säger att...Skrämmande med två privatpersoner"
Nej vi är inga forskare, och vi är rätt nöjda med att inte verka i en akademisk miljö. Vi är dock akademiskt välutbildade i en omfattning som gör att vi känner den världen och vet att agendan där ser ut precis som överallt annars, dvs man har revir och ekonomiska anslag man måste bevaka och den enes bröd är den andres död. Vi känner också den akademiska världen så väl att vi vet att akademiska titlar i sig inte är något bra mått på kvalitet och självständigt tänkande. Forskning är inte heller någon fristående aktivitet med hög integritet idag utan har en agenda som ofta tyvärr styrs av privata eller offentliga anslagsgivare. Många forskare gör heller inget märkvärdigare än det vi gjort nu, dvs samlar in data som man behandlar på olika sätt för att kunna testa olika hypoteser. Därtill är vi trygga med Peters matematiska kompetens och CV på en nivå som väldigt få genetiker har.

Vi har inte hävdat att vi identifierat arvsgången, däremot ser vi samma likhet med resessiv nedärvning som finns dokumenterat i den mest moderna och relevanta vetenskapligt presenterade rapporten om epilepsi hos  Border Collie, Epilepsy in border collies, Clinical Manifestation, Outcome and Mode of Inheritance.

Men givetvis ska vi nu gå vidare med en matematiskt korrekt testning av våra hypoteser. Och om vi vill lämna hobbyfasen av det här projektet så har vi populationsgenetiker i ryggen som kan bistå oss med de akademiska titlar, publicerade "papers" och relevant forskning som alltid krävs för att få tillgång till forskningspengar. Ingen blir gladare än vi själva om det visar sig att våra hypoteser inte stämmer eller bara stämmer delvis. Om de tyvärr stämmer så har vi iaf åstadkommit något som DNA-labben kan utgå från för att börja ta strategiska blodprover och såsmåningom kanske definiera en gen eller genbild som medför stor risk för epilepsi.

Och ja, vi valde att gå ut med materialet privat istället för med SVAK som avsändare. Det har flera olika skäl, men inte att vi velat motarbeta SVAKs avelsråd. De har varit informerade om arbetet och utbyte av information har skett vid flera tillfällen under 2014. Representanter för AR har också uttryckt tacksamhet över att vi lagt arbete på detta, något de inte haft tid och resurser att göra själva - man får ha respekt för att allt arbete inom SVAK sker på ideell fritid och att ARs arbetsområde är hur stort som helst. Ett skäl till en privat presentation är att vi är resultatinriktade och inte vill vara bundna av de restriktioner som en kommitté i en organisation måste underkasta sig av olika skäl. Nu har vi haft och har även i fortsättningen möjlighet att ta de kontakter och bygga de samarbeten som vi bedömer arbetseffektiva.

1 kommentar:

  1. Hei :)
    Har du en email-adresse hvor jeg kan ta kontakt med deg?
    Mvh Jannike
    Jannike.hansen.jh@gmail.com

    SvaraRadera